劣勢存在碳排放問題：如果甲醇來自煤炭或天然氣等化石能源，在甲醇生產和制氫過程中會有二氧化碳等溫室氣體排放，從全生命周期來看，其碳排放強度水電解制氫等可再生能源制氫方式，不符合嚴格的低碳或零碳要求。

轉化效率面臨瓶頸：目前甲醇制氫的轉化效率雖有一定水平，但仍有提升空間。受限于甲醇重整反應的熱力學和動力學平衡，在現有技術條件下，進一步提高氫氣產率和純度面臨挑戰(zhàn)，難以滿足大規(guī)模、高純度的用氫需求。系統集成復雜：甲醇制氫系統涉及甲醇儲存、輸送、重整反應、氫氣分離與提純等多個環(huán)節(jié)，系統集成難度大。

設備投資較高：建設甲醇制氫裝置，尤其是大規(guī)模、高純度的制氫裝置，需要投入大量資金用于購置反應設備、分離設備、凈化設備等。對于一些小型企業(yè)或分布式能源項目，較高的設備投資門檻可能限制其應用。