在使用冷藏集裝箱的時候如果是長距離運輸，那么箱內的溫度差不能超過3度，這樣才可以箱內的溫度保持在一個恒溫的狀態(tài)。如果是運輸新鮮的水果或者是蔬菜，那么要及時打開新風口，可以進行通氣。

冷凍集裝箱工作溫度在-28℃~ 26℃之間，根據(jù)貨種的需要，可自動調節(jié)是箱內溫度不變。保溫集裝箱適宜裝運對溫濕度敏感的貨物。保溫集裝箱主要用于裝載水果、蔬菜等鮮貨。一般用干冰等冷劑防止箱內溫度過度上升，通常的保溫時間為72小時左右。箱內四周和上下都有充分的防熱構造。

根據(jù)客戶設備及使用環(huán)境要求，還可對特種集裝箱內部進行30-200mm的保溫措施及取暖、制冷設備，滿足環(huán)境在高低溫變化時，箱體內部處于恒定溫度，滿足內部設備正常運行，根據(jù)保溫效果及防火性能，可以分為A防火及B及阻燃，現(xiàn)在市面大多使用巖棉凈化板、硅鹽凈化板、船艙板等作為內部保溫結構，也有辦公用房屋采用巖棉、玻璃棉、硅鹽等保溫加環(huán)保裝飾板制作，由于泡沫板防火等級不足，不建議使用。