瑪瑙石有自然色的，也有后加工染色的。瑪瑙的自然色很豐富常見的有如下幾種顏色：

（1）紅瑪瑙：紅是瑪瑙的一種主色，一般瑪瑙呈褐紅色、醬紅色、黃紅色。有些瑪瑙顏色表現(xiàn)不均勻，像南紅瑪瑙，其內(nèi)部就有紅色的點。

（2）藍(lán)瑪瑙：以淡藍(lán)色為主，色較深時透明度較差，有時在藍(lán)色瑪瑙中分布一些其他色彩鮮艷的紋帶。

（3）綠瑪瑙：天然產(chǎn)出的綠瑪瑙少見，者更為，價格也相對提高。

（4）紫瑪瑙：紫色瑪瑙較為少見，紫色有深有淺，其中以葡萄石多，這類瑪瑙質(zhì)地較粗，常常為半透明狀，但內(nèi)蒙狼血瑪瑙紫色較為細(xì)膩。

（5）黑瑪瑙：以黑色為主，微帶青色或灰色，多數(shù)為半透明狀。

（6）白瑪瑙：呈乳白色或淺灰色，常與無色透明狀瑪瑙構(gòu)成同心紋狀、條帶狀。中間常有石英夾層。

（7）灰瑪瑙：為深灰色、淺灰色或青色，有的具有不明顯的同心條帶，內(nèi)部常有石英夾層或砂心。

（8）黃瑪瑙：通常為淡黃色、橘黃色、褐黃色及淺黃色，有時與粉紅、淡紅、淡灰色瑪瑙夾層構(gòu)成美麗的紋帶。

古代瑪瑙開采、加工生產(chǎn)力及其低下，瑪瑙礦石硬度高、開采難度大，在沒有電動工具的“砣鋸時代”，有“一砣瑪瑙一砣金”的說法。象形圖紋瑪瑙形成本身具有偶然性，原石橫切、豎切、斜切，多切少切哪怕是差一毫米，就會與瑪瑙圖案失之交臂，可謂“失之毫厘，謬之千里”，這些原因?qū)е铝讼笮螆D紋瑪瑙實物更是存世。中華民族自古又多災(zāi)多難，歷經(jīng)多次戰(zhàn)亂、社會動蕩，由古傳至今的象形圖紋瑪瑙實物，真是鳳毛麟角。全世界只有中國的故宮博物院和俄羅斯的克林姆林宮寶石博物館偶能發(fā)現(xiàn)有“色彩成圖的瑪瑙”。

按包裹體分類：

南紅瑪瑙：主要產(chǎn)自云南保山、四川涼山和外蒙古等地。其中，涼山的南紅品質(zhì)，少裂且色澤艷麗；而保山南紅的膠質(zhì)感強(qiáng)，油潤度高。
戰(zhàn)國紅瑪瑙：以遼寧朝陽的北票料和河北宣化料為主，前者更佳。其特點為紅色和黃色兩種顏色發(fā)暗并多拉絲結(jié)構(gòu)。
苔蘚瑪瑙或苔紋瑪瑙：內(nèi)部含有樹枝狀或苔蘚狀花紋，常見有水草瑪瑙和櫻花瑪瑙等品種。