目前，國內(nèi)現(xiàn)有的一些畜禽糞便發(fā)酵技術(shù)普遍存在著發(fā)酵，遠(yuǎn)距離運輸，集中處理高成本的問題。同時因為發(fā)酵工藝落后，占地面積大，發(fā)酵過程中因發(fā)酵工藝落后造成地下水的污染和因發(fā)酵不全產(chǎn)生的氣味，使蚊蠅滋生對周圍環(huán)境產(chǎn)生嚴(yán)重影響。同時發(fā)酵生產(chǎn)受氣候影響嚴(yán)重，雨雪天無常工作，冬季因低溫導(dǎo)致設(shè)備無法處理糞便的現(xiàn)象。發(fā)酵時間普遍長達1-2個月，耗費工作人員數(shù)量多。

目前，化肥被大量施用以保持農(nóng)林業(yè)高產(chǎn)。但是，隨著化肥用量不斷增加，土壤開始板結(jié)，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來，我國提倡有機農(nóng)業(yè)，大量應(yīng)用有機肥，達到保持作物產(chǎn)量的同時，保護土地和環(huán)境。畜禽糞便是有機肥重要來源，2016年我國僅養(yǎng)殖肉牛產(chǎn)生的牛糞就達到15萬噸以上，為我國有機肥生產(chǎn)提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產(chǎn)生大量小麥秸稈，秸稈為養(yǎng)殖業(yè)提供飼料，也為有機肥生產(chǎn)提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產(chǎn)的基礎(chǔ)，重要的是對這些原料的加工利用。其中關(guān)鍵的是有機肥原料的發(fā)酵腐熟技術(shù)不斷發(fā)展與創(chuàng)新。

菌肥是一種以菌類為基礎(chǔ)的肥料，主要由菌絲體、孢子體和菌體等組成。菌肥可分為兩大類：一類是以菌絲體為主要成分，如木霉菌肥、腐霉菌肥等；另一類是以菌體和孢子體為主要成分，如果霉菌肥、曲霉菌肥等。
菌肥具有以下特點：
1. 富含有機質(zhì)：菌肥主要由菌類生物轉(zhuǎn)化而來，富含有機質(zhì)，能夠提供植物所需的營養(yǎng)元素。
2. 促進土壤活性：菌肥中的菌類有利于土壤微生物的繁殖和活動，促進土壤的生物學(xué)活性。
3. 改善土壤結(jié)構(gòu)：菌肥能夠分解有機物質(zhì)，改善土壤結(jié)構(gòu)，增加土壤通氣性和保水能力。
4. 提高植物力：菌肥中的菌類具有一定的抗病能力，能夠提高植物的力，減少病害發(fā)生。

菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情況下，每畝土地使用菌肥的量為10-15公斤。
2. 施用時間：菌肥可與基肥一同施用，也可作為追肥使用。一般在種植前2-3周施用，或者在植物生長期間按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后輕輕耕入土中，也可與底肥或追肥混合使用。 需要注意的是，菌肥的保存要避免陽光直射和高溫環(huán)境，盡量保存在陰涼干燥處。
此外，在施用菌肥時，應(yīng)避免與農(nóng)藥等化學(xué)物質(zhì)混用，以免發(fā)生不良反應(yīng)。

微生物菌肥，富含多糖類、生物堿類、類、腐殖酸類、海藻素等高能量物質(zhì)以及鉀、鈣、鎂、磷、硫、鐵、鋅、硼、硒、硅、錳、鉬等礦物元素。通過提高作物葉片中葉綠素的含量達到營養(yǎng)復(fù)壯、提質(zhì)增產(chǎn)的效果，通過提高作物體內(nèi)的酶活性達到、抗逆性的作用；多種有益微生物可有效改良土壤，增加土壤的透氣性，提高土壤中有機質(zhì)的利用率，通過生物菌的固氮、固碳功能為作物補充營養(yǎng)。

微生物代謝物有直接殺菌的作用且進入土壤會在根際定殖，搶占生態(tài)位點讓線蟲及真無法侵染。有益微生物進入土壤會在根系周圍產(chǎn)生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結(jié)合，形成土壤團粒結(jié)構(gòu)，提高土壤蓄肥、保水能。