他沒想到的是，四年級劃分時，清華營建系已改為純工科的建筑系，沒有了建筑史。他被分到工業(yè)建筑，畢業(yè)后分配到中國科學(xué)院土木建筑研究所。幸而1956年9月中科院與清華建筑系合辦建筑歷史與理論研究室，梁思成任主任，傅熹年被所在單位派到這個研究室工作，得以回到母校清華。他以為終于實(shí)現(xiàn)了研究中國建筑史的夙愿，但命運(yùn)再一次捉弄了他。
反右運(yùn)動中，因一些私下閑談被人揭發(fā)，他被劃成右派，1959年春下放建筑工程部的北京南口農(nóng)場勞動。
說起這次下放，他只淡淡地說工作是“放牛、養(yǎng)豬、種老玉米”。他覺得自己很厲害的是給母豬接生，十個八個呼嚕一下子就生出來了，“挺好玩的”。下放的近兩年里，他抽空反復(fù)通讀了帶去的《資治通鑒》和宋《營造法式》。
1960年10月，他摘掉了右派帽子，返回單位。反右后，建筑歷史與理論研究室已被清華撤銷，經(jīng)梁思成聯(lián)系，傅熹年等非清華人員調(diào)到了建筑工程部所屬的建筑科學(xué)研究院建筑歷史室。工作室的主任是梁思成，副主任是劉敦楨、汪季琦。傅熹年被編入民居研究組，參加了王其明負(fù)責(zé)的浙江民居調(diào)查。

這是他次目睹此畫實(shí)物。他注意到，位于畫幅右上方的款識“吳興趙孟頫”筆法滯澀，且從構(gòu)圖上看畫幅右方頗顯局促，因而認(rèn)為畫作并非趙孟頫作品，而是經(jīng)過了剪裁，作者原款被裁去，“趙孟頫”的名字是后來添加的。
因?yàn)槿珖梃b定的書畫作品很多，當(dāng)時商定，鑒定組采取不爭論原則，將不同意見作為附注標(biāo)注。謝辰生只負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)工作，啟功沒有參加這次鑒定，參加的5個中，徐邦達(dá)、楊仁愷、劉九庵3人同意這個意見。后的鑒定意見為，該畫為元人作品，但非趙孟頫所作。
鑒定組在沈陽工作時，也發(fā)生過較大爭論，尤其是對一些畫的年代分歧很大。
1986年后，徐邦達(dá)實(shí)際上不參加鑒定了，啟功也經(jīng)常不來，劉九庵和傅熹年不得不負(fù)起主要責(zé)任來，大量的反對意見都是他們倆簽署的。
傅熹年說，并不是每一位都堅(jiān)持自己主持收購的書畫為真，徐邦達(dá)就很大度，他替故宮收進(jìn)的字畫，如果鑒定組認(rèn)為是假的，他也認(rèn)賬。

傅熹年還回憶，鑒定組開會時，他和劉久庵常坐在一起，互相交談。每次提出反對意見，總有人會問：你說不是他畫（寫）的，那你說是誰畫（寫）的？可能有感于此，一般鑒定時定其真?zhèn)尉蛪蛄耍珓⒕免诌€進(jìn)一步研究偽品，盡可能找出作偽者，如指出多件祝允明書法都是吳應(yīng)卯、文葆光偽作的。劉久庵不但熟悉大名家，還熟悉中小名家，對一些名家的不成功之作，他往往能力排眾議定其為真筆。
巡回鑒定工作于1989年底結(jié)束，共過目全國6萬多件書畫作品。作為鑒定成果，出版了10冊《中國古代書畫目錄》，其中編成24卷彩色《中國古代書畫圖錄》