集裝箱運輸的管理方法和工作體系與傳統(tǒng)運輸方式不同，其主要的關系方有集裝箱運輸經營人、無船承運人(NVOCC)、實際承運人、集裝箱租賃公司、集裝箱碼頭（堆場）和貨運站。

簡化包裝，大量節(jié)約包裝費用。為避免貨物在運輸途中受到損壞，有堅固的包裝，而集裝箱具有堅固、密封的特點，其本身就是一種的包裝。使用集裝箱可以簡化包裝，有的甚至無須包裝，實現件雜貨無包裝運輸，可大大節(jié)約包裝費用。

減少貨損貨差，提高貨運質量。由于集裝箱是一個堅固密封的箱體，集裝箱本身就是一個堅固的包裝。貨物裝箱并鉛封后，途中無須拆箱倒載，一票到底，即使經過長途運輸或多次換裝，不易損壞箱內貨物。集裝箱運輸可減少被盜、潮濕、污損等引起的貨損和貨差，并且由于貨損貨差率的降低，減少了社會財富的浪費，也具有很大的社會效益。

集裝箱運輸涉及面廣、環(huán)節(jié)多、影響大，是一個復雜的運輸系統(tǒng)工程。集裝箱運輸系統(tǒng)包括海運、陸運、空運、港口、貨運站以及與集裝箱運輸有關的海關、商檢、船舶代理公司、貨運代理公司等單位和部門。如果互相配合不當，就會影響整個運輸系統(tǒng)功能的發(fā)揮，如果某一環(huán)節(jié)失誤，必將影響全局，甚至導致運輸生產停頓和中斷。因此，要求搞好整個運輸系統(tǒng)各環(huán)節(jié)、各部門之間的高度協(xié)作。

由于集裝箱運輸在不同運輸方式之間換裝時，勿需搬運箱內貨物而只需換裝集裝箱，這就提高了換裝作業(yè)效率，適于不同運輸方式之間的聯合運輸。在換裝轉運時，海關及有關監(jiān)管單位只需加封或驗封轉關放行，從而提高了運輸效率。

集裝箱的適箱貸源，根據國家《關于發(fā)展我國集裝箱運輸若干問題的規(guī)定》中規(guī)定的適箱貨為12個品類，即交電、儀器、小型機械'玻璃陶瓷、工藝品；印刷品及紙張、醫(yī)藥、食品、日用品，化工品、針紡織品和小五金等雜貨、貴重、易碎、怕濕的貨物均屬于集裝箱運輸貨物、集裝箱貨源從運輸組織上分為整箱貨和拼箱貨兩類。整箱貨是指發(fā)貨人需單使用一個集裝箱的貨物，整箱貨是由發(fā)貨人負責裝箱t計數并施封。拼箱貨是指兩個以上發(fā)貨人貨物拼裝在一個集裝箱內的貨物，拼箱貨的裝卸作業(yè)由承運人或有關運輸代理部門負責。