目前，生物燃料用于世界各地的航空試飛。大多數(shù)生物燃料是按一定比例添加到傳統(tǒng)航空燃料中的。雖然世界上大多數(shù)航空公司進行的飛行試驗結(jié)果表明，生物燃料和傳統(tǒng)燃料的混合可以在不改變飛機發(fā)動機結(jié)構(gòu)的情況下提高飛行效率，生物燃料是否足夠安全，以及它們是否會腐蝕或侵入發(fā)動機材料，但還需要進一步的討論和驗證。

產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒有競爭優(yōu)勢。雖然航空公司也會購買一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

即所有轉(zhuǎn)化過程將不可避免地導(dǎo)致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果煉油后的廢渣，特別是煉油廢油的廢渣處理不當，也會造成污染，治理污染的成本終會增加到成品油的價格中。

歐美國家對亞麻薺菜的種植和應(yīng)用進行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長周期短（4個月），產(chǎn)油率高（30%–45%），化肥、農(nóng)藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘渣加工成飼料。在副產(chǎn)品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個產(chǎn)業(yè)鏈都扭虧為盈。

生物燃料的佳解決方案即微藻，大小從幾微米到數(shù)百微米不等。它們可以地生產(chǎn)脂類、蛋白質(zhì)、多糖和其他有機物質(zhì)。它們對環(huán)境適應(yīng)性強，體積小，繁殖速度快。其中，油脂可以通過酯交換反應(yīng)轉(zhuǎn)化為生物柴油。

20世紀70年代，美國能源部為了發(fā)展可持續(xù)能源，對微藻進行了大規(guī)模的收集、篩選和鑒定，終獲得了300多種產(chǎn)油微藻，即脂類占細胞干重20%以上的微藻。其中，小球藻微球菌的脂比高達68%。據(jù)估計，藻類的年產(chǎn)油量可達到每公頃養(yǎng)殖面積15000至80000升。