由于冰河運動、地殼變遷等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，經(jīng)過億萬年的演變，生物硬體部才被保存下來。但軀體肉質(zhì)軟組織（包括耳朵、內(nèi)臟器官）演變?yōu)榛目赡苄晕⒑跗湮?，在自然環(huán)境下很容易被微生物腐蝕溶化，所以很難形成實體肉化石，因存世量少收藏價值。學者黃錦祥發(fā)現(xiàn)的“耳朵”化石，使我們清楚了解到地球上確實有“肉化石”存在，是人類自然科學史上的一次重大發(fā)現(xiàn)。 [1-2]

變化為石。 元 鄭元祐《次韻劉憲副春日湖上有感》詩：“鶴老離巢松化石，鸞孤照水竹穿沙?！?明 劉基《雙帶子》曲之四：“天上星辰能化石，黃河千歲也還清?！?；典出《初學記》卷五引 南朝 宋 劉義慶《幽明錄》：“ 武昌山 上有望夫石，狀若人立。古傳云：‘昔有貞婦，其夫從役，遠赴國難，攜弱子餞送北山，立望夫而化為立石，因以為名焉。’” 明 何景明《結腸賦》：“淚隕血而崩城兮，身立枯而化石。” 明 張煌言《得友人書道內(nèi)子艱難狀》詩：“漸來應化石，遮莫但飛蓬?！?蘇曼殊《無題》詩之七：“分明化石心難定，多謝云娘十幅箋?！?br/>
通常如肌肉或表皮等柔軟部分在保存前就已腐蝕殆盡，而只留下抵抗性較大的部分，如骨頭或外殼。它們接著就被周圍沉積物的礦物質(zhì)所滲入取代。許多化石也被覆蓋其上的巖石重量壓平。


植物的化石包括根、木、葉、種子、果實、花粉、孢子、植石和琥珀。化石陸上植物
在陸地上、湖泊中、河流里以及近海內(nèi)的地層都有被發(fā)現(xiàn)到?；ǚ?、孢子和藻類（溝鞭藻門和疑源類）被用來界分地層巖石的順序。殘留的植物化石并不如動物化石那么普遍，然而植物化石在世界上許多地區(qū)之內(nèi)，都可以有大量的發(fā)現(xiàn)。

松柏和開花植物的根、莖及枝干的化石可以在湖泊及海岸的中生代和新生代地層中被找到。加州紅木、木蘭、櫟樹和棕櫚樹等化石常被找到。
石化木普遍存在于世界的部份地區(qū)，且常在酸性及沙漠地區(qū)中所發(fā)現(xiàn)，因為那些地方很容易因侵蝕作用而暴露。石化木通常都被嚴重地硅化（有機質(zhì)被二氧化硅取代），且生殖組織常會被保存在良好的狀態(tài)。此類的樣本有些會使用寶石雕琢的裝置來切割及磨光。石化木的石化林已在每個大陸中被發(fā)現(xiàn)。


舌羊齒屬等種子蕨的化石廣泛分布在南半球的數(shù)個大陸中，此一事實支持了阿爾弗雷德·魏格納所提出的大陸漂移學說。