目前，化肥被大量施用以保持農(nóng)林業(yè)高產(chǎn)。但是，隨著化肥用量不斷增加，土壤開始板結(jié)，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來，我國提倡有機農(nóng)業(yè)，大量應(yīng)用有機肥，達(dá)到保持作物產(chǎn)量的同時，保護(hù)土地和環(huán)境。畜禽糞便是有機肥重要來源，2016年我國僅養(yǎng)殖肉牛產(chǎn)生的牛糞就達(dá)到15萬噸以上，為我國有機肥生產(chǎn)提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產(chǎn)生大量小麥秸稈，秸稈為養(yǎng)殖業(yè)提供飼料，也為有機肥生產(chǎn)提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產(chǎn)的基礎(chǔ)，重要的是對這些原料的加工利用。其中關(guān)鍵的是有機肥原料的發(fā)酵腐熟技術(shù)不斷發(fā)展與創(chuàng)新。

菌肥是一種以菌類為基礎(chǔ)的肥料，主要由菌絲體、孢子體和菌體等組成。菌肥可分為兩大類：一類是以菌絲體為主要成分，如木霉菌肥、腐霉菌肥等；另一類是以菌體和孢子體為主要成分，如果霉菌肥、曲霉菌肥等。
菌肥具有以下特點：
1. 富含有機質(zhì)：菌肥主要由菌類生物轉(zhuǎn)化而來，富含有機質(zhì)，能夠提供植物所需的營養(yǎng)元素。
2. 促進(jìn)土壤活性：菌肥中的菌類有利于土壤微生物的繁殖和活動，促進(jìn)土壤的生物學(xué)活性。
3. 改善土壤結(jié)構(gòu)：菌肥能夠分解有機物質(zhì)，改善土壤結(jié)構(gòu)，增加土壤通氣性和保水能力。
4. 提高植物力：菌肥中的菌類具有一定的抗病能力，能夠提高植物的力，減少病害發(fā)生。

微生物代謝物有直接殺菌的作用且進(jìn)入土壤會在根際定殖，搶占生態(tài)位點讓線蟲及真無法侵染。有益微生物進(jìn)入土壤會在根系周圍產(chǎn)生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結(jié)合，形成土壤團粒結(jié)構(gòu)，提高土壤蓄肥、保水能。