化石可以根據(jù)其保存特點(diǎn)分為以下幾類：
?實(shí)體化石?：如?恐龍骨骼化石。
?模鑄化石?：生物遺體留下的印模。
?遺跡化石?：如?恐龍腳印、?糞便等。
?分子化石?：保存下來的生物分子。

由于冰河運(yùn)動、地殼變遷等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，經(jīng)過億萬年的演變，生物硬體部才被保存下來。但軀體肉質(zhì)軟組織（包括耳朵、內(nèi)臟器官）演變?yōu)榛目赡苄晕⒑跗湮?，在自然環(huán)境下很容易被微生物腐蝕溶化，所以很難形成實(shí)體肉化石，因存世量少收藏價值。學(xué)者黃錦祥發(fā)現(xiàn)的“耳朵”化石，使我們清楚了解到地球上確實(shí)有“肉化石”存在，是人類自然科學(xué)史上的一次重大發(fā)現(xiàn)。 [1-2]

《山海經(jīng)》也有“石魚”（即魚化石）的記述；南朝齊梁時期陶弘景有對琥珀中古昆蟲的記述；宋朝沈括對螺蚌化石和杜綰對魚化石的起源，已有了正確認(rèn)識。迄今，發(fā)現(xiàn)早的細(xì)菌化石為距今35億年前的澳大利亞瓦拉翁納群中的絲狀細(xì)菌化石。

在漫長的地質(zhì)年代里，地球上曾經(jīng)生活過無數(shù)的生物，這些生物死亡后的遺體或是生活時遺留下來的痕跡，許多被當(dāng)時的泥沙掩埋起來。在隨后的歲月中，這些生物遺體中的有機(jī)物質(zhì)分解殆（dài）盡，堅硬的部分如外殼、骨骼、枝葉等與包圍在周圍的沉積物一起經(jīng)過石化變成了石頭，但是它們原來的形態(tài)、結(jié)構(gòu)（甚至一些細(xì)微的內(nèi)部構(gòu)造）依然保留著。同樣，那些生物生活時留下來的痕跡也可以這樣保留下來。我們把這些石化的生物遺體、遺跡就稱為化石，化石一般少都要經(jīng)過上億年才能形成。


早可以被明確歸類于植物界的化石是在寒武紀(jì)時的綠藻化石。這些化石像是絨枝藻目鈣化了的多細(xì)胞成員。更早的前寒武紀(jì)化石中有發(fā)現(xiàn)像是單細(xì)胞綠藻的化石，但依然不確定是何種藻類。


煤系地層是生存于古生代時的植物的化石的主要來源。煤炭礦是采集化石好的場所，而且碳本身便是化石植物的殘留，雖然植物化石的結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié)很少會留在碳中。在蘇格蘭格拉斯哥維多利亞公園中的化石森林里，有發(fā)現(xiàn)鱗木的樹干。